Метаболическое моделирование. Использование баз данных для построения метаболических моделей

Существование живой клетки, самым непосредственным образом связано с метаболизмом,- совокупностью химических реакций, протекающих за счет каталитических белков (ферментов), и завершающихся матричным синтезом самих этих белков а так же синтезом нуклеиновых кислот, служащих матрицами для воспроизведения своей структуры и структуры каталитических белков. Именно в результате метаболизма происходит материальное воспроизведение и размножение живых систем, которые мы называем клетками. Закономерности и особенности метаболизма клетки, непрерывного обмена веществ и его самоуправления, относящиеся как к клетке в целом, так и к отдельным ее фрагментам, могут законно претендовать на центральное место при теоретическом изучении фундаментальных основ жизни. Одним из основных методов теоретического изучения сложных систем является метод построения и исследования их математических моделей. Если генетическая информация в геномике моделируется последовательностями символов, обозначающих нуклеотиды, то метаболизм клетки в разделе биоинформатики, который можно назвать метабономикой, при качественном подходе представляют с помощью метаболических карт, а при количественном подходе, предполагающем использование современной вычислительной техники и возможном только при этом условии, моделируют с помощью стехиометрических матриц, таблиц кинетических свойств ферментов и систем уравнений.

Исследования информации о жизни клетки, отраженной в динамике и структуре ее метаболизма, являются не менее важными, чем исследования генетической информации. Они относятся к более сложному и в настоящее время значительно менее разработанному, но интенсивно развивающемуся направлению в биоинформатике, и связаны с